تشكلت اللجنة الرئاسية العليا لشؤون الكنائس في فلسطين بمرسوم رئاسي اصدره السيد الرئيس محمود عباس بتاريخ 24/5/2012. وتعتبر هذه المرة الاولى التي تتشكل فيها لجنة خاصة في فلسطين لمتابعة شؤون الكنائس وأماكن العبادة المسيحية القانونية والعقارية والمؤسساتية وغيرها. وهي إمتداد للجنة الثلاثية التي أشرفت على الإحتفالات الألفية بعضوية كل من المرحوم د.اميل جرجوعي والاخ متري ابو عيطة وزير السياحة الاسبق والدكتور رمزي خوري رئيس ديوان الرئاسة السابق.
وجاءت رغبة سيادة الرئيس بإعادة تشكيل اللجنة بمرسوم أُصدر بتاريخ 15/2/2019، ليصبح أعضائها ممثلين عن مؤسسات وليس تمثيلاً لأفراد، وذلك حتى يتسنى للجنة القيام بدورها المجتمعي الفاعل في تنفيذ مهامها وأهدافها.
حيث تهدف اللجنة إلى تعزيز مبدأ المساواة الكاملة أمام القانون وبناء دولة المواطنة المتساوية لكافة أطياف الشعب الفلسطيني. فيما تقوم اللجنة بتأدية مهامها وفق توجيهات الرئاسة الفلسطينية وبالتعاون مع المؤسسات الرسمية المحلية والخارجية على الصعيدين الاقليمي والدولي.
كما تهدف اللجنة إلى الإسهام الفعال في معالجة ظاهرة هجرة المسيحيين من ارض وطنهم والعمل على الحد منها تمهيدا لوقفها نهائيا، ومجابهة سعي الإحتلال لتهجير المسيحيين من القدس بصورة خاصة لتحويلها الى مدينة يهودية فقط بغية طمس الوجود المسيحي والإسلامي فيها.
فيما تقوم اللجنة أيضاً بالعمل على ترميم الكنائس والمرافق التابعة لها كالمدارس والروضات والمراكز والجمعيات والأندية والكشافات وغيرها، وذلك للمحافظة على الإرث التاريخي المسيحي في الأراضي المقدسة وتعزيز صمود المسيحيين في أرضهم.
وتسعى اللجنة إلى بناء الثقـة وتعزيـز المصداقية وتوثيـق العلاقـات مـع رؤسـاء الكنائـس مـن خـلال التواصـل والحـوار البنـاء والتعاطـي السريـع مـع أيـة إشـكاليات تواجـه كنائسـهم و إبـراز الـدور الوطنـي الاسـلامي- المسـيحي المشتـرك في الحيـاة السياسـية والاجتماعية في فلسـطين علـى اعتبـاره جـزء لا يتجـزأ من النسـيج الوطنـي والمجتمعي الفلسـطيني واطـلاق ورشـات الحـوار الوطنـي لتعميـق هـذا المفهـوم من خلال إعــادة النظــر في المناهــج الدراســية في مختلــف المراحــل التعليميــة والتربوية وتنقيحهـا لترسيخ مفاهيـم وقيم العيـش المشتـرك والتسـامح والإخـاء، من خلال تغذيـة هـذه المناهـج بقيـم الحريــة والعدالــة والتســامح والإعتراف بالمواطنــة المتســاوية والفاعلــة والتربية المدنيــة الســليمة.
وتسعى اللجنة الى مواجهة الرواية الاسرائيلية حول ما يسمى أرض الميعاد والشعب المختار والتي تتبناها المسيحية الصهيونية وتعمل اللجنة مع الكنائس المحلية على محاربة هذا الفكر المتطرف، ونقل الصورة الحقيقية والظلم الذي يتعرض له الشعب الفلسطيني وذلك من خلال زيارات متواصلة حول العالم وخصوصاً تلك الدول والكنائس المعروفة بميلها للروايةالإسرائيلية ومحاولة التأثير من أجل تصويب الرواية لرفع الظلم وتحقيق العدالة.
وأهم ما تهدف إليه اللجنة هو تســليط الضــوء علـى الممارسات الإسرائيلية والحمــلات الدعائيــة المغرضة التــي تســتهدف المؤسســات الدينيــة المختلفــة وخاصة العالمية وتهــدد الوجــود المســيحي والإسلامي وخاصــة في القــدس من خلال محاولات تنميط الصراع الفلسطيني-الإسرائيلي على أنه صراع ديني بين المسلمين واليهود لحرف الأنظار عن أن الصراع هو صراع سياسي يتعلق بإحتلال الأرض والإعتداء على الشعب الفلسطيني بمسلميه ومسيحييه.
وعلى هذا الصعيد تعمل اللجنة على متابعة كافة الانتهاكات التي تتعرض لها الأماكن المقدسة ودور العبادة من قبل الاحتلال الاسرائيلي، ونقل الصورة الحقيقية التي تحاول اسرائيل اخفاءها.