تسعى اللجنة من خلال عملها للتأكيد على الثوابت الوطنية التي أقرها الميثاق الوطني لمنظمة التحرير الفلسطينية، وإرساء مبادئ المساواة في الحقوق العامة بين المواطنين وفقا للقانون الاساسي ووثيقة اعلان الاستقلال، كما تعمل على تعزيز مبادئ التسامح والتعددية الدينية والسياسية والفكرية وتعزيز صمود الشعب الفلسطيني بمختلف مكوناته الدينية والمذهبية، وابراز الدور الوطني الاسلامي والمسيحي المشترك في الحياة السياسية والاجتماعية الفلسطينية، من اجل تعزيز النسيج الوطني المجتمعي الفلسطيني المرتكز على الحوار الوطني والمسؤول، والحفاظ على الكنائس والمؤسسات التابعة لها.
كما تعمل اللجنة على متابعة الشؤون الكنسية مع الكنائس المحلية والدولية والتنسيق معها، وتنظيم ومتابعة النشاطات والفعاليات الخاصة بالكنائس والمؤسسات التابعة لها محليا واقليميا ودوليا، وتسليط الضوء على ممارسات الاحتلال الاسرائيلي وحملات الدعاية التي تستهدف المؤسسات الدينية المختلفة وتهدد الوجود المسيحي والاسلامي خاصة في القدس، والمساهمة في تعزيز التربية الوطنية السليمة القائمة على أسس الحرية والعدالة والتسامح والمواطنة المتساوية، كما نعمل على متابعة شؤون الكنائس والمؤسسات وأماكن العبادة المسيحية التابعة لها، وتوفير الدعم اللازم لترميم الكنائس ومساعدتها.
كما تولي اللجنة الرئاسية اهمية بالغة لايجاد الحلول المناسبة لمعالجة ظاهرة هجرة المسيحيين من ارضهم ووطنهم، والعمل على الحد منها تمهيدا لوقفها نهائيا ومجابهة مساعي الاحتلال لتهجير المسيحيين من القدس وتهويدها وطمس الوجود المسيحي والإسلامي فيها، حيث تزداد وتتنوع وتيرة الانتهاكات الإسرائيلية بحق المواطنين المسيحيين وكنائسهم والمؤسسات والأماكن المقدسة التابعة لها، التي تُشكل استهدافا مباشراً للمسيحين وبالاخص في مدينتي القدس وبيت لحم، ويكون الهدف منها دوماً تحويل حياة السكان الفلسطينيين إلى جحيم لدفعهم إلى الرحيل والهجرة.
كما يساهم عمل اللجنة في مواجهة رواية الاحتلال الاسرائيلي التي تهدف الى تحويل الصراع الفلسطيني الاسرائيلي الى صراع ديني، وعملت بالتعاون مع مجلس الكنائس في الاراضي المقدسة وكافة الشركاء على محاربة هذا الفكر المتطرف، ونقل الصورة الحقيقية والظلم الذي يتعرض له الشعب الفلسطيني الى العديد من عواصم العالم، وقد تعددت أشكال هذه الاعتداءات والمُضايقات لتجريد الأرض من سكانها والاستيلاء عليها وضم آلاف الدونمات من أراضي المواطنين والأديرة على حدٍ سواء.
وعليه، تعمل اللجنة دوما على تسليط الضوء على هذه الانتهاكات والاعتداءات الإسرائيلية وحملات الدعاية التي تستهدف المؤسسات الدينية المختلفة وتهديد الوجود المسيحي وخاصة في القدس، من خلال متابعة المواقف الرسمية الإسرائيلية من الكنائس وقضاياها المختلفة، ومتابعة ردود الفعل الكنسية والدولية إزاء الممارسات الإسرائيلية، وإعلام الجهات الفلسطينية الرسمية بمستجدات هذه الممارسات للمتابعة، واتخاذ ما يلزم من مواقف واجراءات.
ختاماً، فإن اللجنة الرئاسية العليا لمتابعة شؤون الكنائس، وبحسب توجيهات وتعليمات فخامة الرئيس محمود عباس، ستستمر بإذن الله بتحقيق رسالتها وأهدافها الإستراتيجية، وستسعى دوماً إلى تفعيل دورها الهام في فضح ممارسات الاحتلال الإسرائيلي الموجهة ضد شعبنا بشكل عام، وكنائسنا المسيحية بشكل خاص، من خلال توحيد الصفوف وتكثيف الجهود دوماً لمساندة عمل الكنائس وتطوير مشاريعها وخدماتها لرعاياها، وبالتالي تعزيز الرواية الفلسطينية، والإسهام في حماية المسيحيين في الأراضي المقدسة، وتثبيت صمودهم في كنائسهم وأراضيهم، للحد من هجرتهم، فهم ملح هذه الأرض.