تتربع الكنيسة على مساحة ما يقارب 216 متر مربع، يتوسطها ساحة تبلغ مساحتها 200 متر مربع.وفي أحدى جنبات الكنيسة من الجهة الشمالية، يوجد مقبرة على مساحة 600 مترا مربعا تقريبا، ما زال يدفن فيها المسيحيين أمواتهم، وهى مقبرة صغيرة وقديمة جداُ يوجد بها قبور ترجع إلى عام 1790م حيث يقع مدخل المقبرة من داخل ساحة الكنيسة.
وقد استغرق بناء هذه الكنيسة ما يقارب الخمس سنوات من عام 402 م وحتى عام 407 م، حيث دُشنت تلك الكنيسة باسم كنيسة “أفدوكسيانا” نسبة إلى الإمبراطورة “أفدوكسيا”.
والقديس برفيريوس ولد في مدينة سالونيك في اليونان سنة 347م، وعند بلوغه سن الثلاثين ذهب إلى مصر وعاش خمس سنوات هناك، ومن ثم ذهب إلى القدس وزار الأماكن المقدسة فيها.
وفي سنة 392م سمي كاهنًا وعمل خوري في كنيسة القيامة، وبعد ثلاث سنوات أي في 18/3/395 م، سمي مطرانًا لمدينة غزة حيث كان المسيحيون في مدينة غزة قلة، وكانوا يشهدون للمطران بالقداسة وحنكة الوعظ فاختير لتعليم الناس ولتأسيس كنيسة المسيح في غزة. وفي 21/3/395 م، نزل إلى غزة برفقة الشماس مرقص الذي كتب تاريخ حياة هذا القديس لأنه كان معه طيلة أيام حياته في مدينة غزة.
من المراكز التابعة للكنيسة: المركز الثقافي الارثوذكسي العربي الذي شيد على مساحة ستة دونمات في منطقة الرمال الجنوبي. وهو عبارة عن مجمع متكامل لخدمة الاهداف الثقافية والاجتماعية للمساهمة في خدمة مجتمعنا الفلسطيني. المبنى ما زال قيد التنفيذ حيث يفتقد بعض الامور الثانوية للبدء في العمل.
