في قلب السوق، بين المحلات والحوانيت توجد ساحة صغيرة توصل إلى كنيسة متميزة فوق مدخلها لافتة كتب عليها: The Synagogue. المبنى المميز الموجود تحت الأرض بحوالي متر ونصف بني بشكل مقوس وفيه مقاعد على طول الجدران، منبر ومذبح.
تعود قدسية هذا الكنيس القديم حسبما تروي التقاليد المسيحية إلى كون يسوع قد تعلم وصلى هناك. كذلك، في هذا الكنيس ألقى يسوع خطبته الشهيرة يوم السبت (متى 13، مرقس 6، لوقا 4) والتي أعلن فيها أمام أبناء قريته اليهود بأنه المسيح. وقد أغاظت هذه الخطبة المصلين فجروا يسوع جرا إلى جبل القفزة من أجل إلقائه من هناك، لكنه اختفى من الجبل.
في الفترة البيزنطية بدأ يزور المكان مؤمنون مسيحيون وفي العصور الوسطى تحول الكنيس إلى كنيسة ونسبت له “خطبة السبت”. كنيسة المجمع هي ضمن الطائفة اليونانية الكاثوليكية. إلى جانب كنيسة المجمع التاريخية أقيمت في عام 1887 كنيسة جديدة (كنيسة المجمع الجديدة) مزخرفة برسومات حائط رائعة، لوحات يسوع كطفل، فتى وملك تضفي على المبنى الصغير أجواء مقدسة حافلة بالرسومات المميزة.
كما يبدو، نسب المكان للكنيس الذي تعلم يسوع فيه وصلى هو تقاليد من فترة لاحقة، لا تسبق الفترة البيزنطية إذ إن جميع الأماكن المقدسة اليهودية دمرت في فترة التمرد الكبير (67 ميلادي) وغالبية الكنس الجليلية القديمة تعود إلى الفترة ما بين القرن الثالث حتى القرن السادس. حتى حسب السجلات المدونة، كان من المفروض أن يكون كنيس يسوع داخل قرية الناصرة القديمة، لكن هذا المبنى يقع خارج القرية التاريخية. مع مرور السنوات تهدم المكان وكان حظيرة للبهائم. فقط في منتصف القرن الـ 18، عندما تحسنت أوضاع المسيحيين في المدينة بفضل المعاملة المتسامحة التي أبداها حاكم الجليل ظاهر العمر، بدأ الفرنسيسكان في ترميمه وإعادة بنائه. وقد نقلوا المكان الى تصرف اليونانيين الكاثوليك الذين رمموا المكان وأقاموا فيه مصلى.
